মো. বাবুল মিঞা ১৯৯৫ সালের ১৫ নভেম্বর ১৫তম বিসিএস (প্রশাসন) ক্যাডারে যোগদান করেন। তিনি বিভিন্ন জেলায় সহকারী কমিশনার ও ম্যাজিস্ট্রেট, সহকারী কমিশনার (ভূমি), উপজেলা নির্বাহী অফিসার ও অতিরিক্ত জেলা প্রশাসক পদে মাঠ প্রশাসনে সাফল্যের সঙ্গে দায়িত্ব পালন করেছেন। এ ছাড়া তিনি জনপ্রশাসন মন্ত্রণালয়, মুক্তিযুদ্ধবিষয়ক মন্ত্রণালয় ও পরিকল্পনা মন্ত্রণালয়সহ বিভিন্ন মন্ত্রণালয়ে কেন্দ্রীয় প্রশাসনে গুরুত্বপূর্ণ পদে দায়িত্ব পালন করেছেন।